لقد أكد سماحة الإمام (قده) مراراً على أهلية سماحة آية الله العظمى الخامنئي للقيادة، وفي ذلك ينقل حجة الإسلام والمسلمين الشيخ الهاشمي الرفسنجاني:

(خلال اجتماعنا مع سماحة الإمام (قده) وبحضور رؤساء القوى الثلاث والسيد رئيس الوزراء والحاج السيد أحمد، تم مناقشة هذا الموضوع، وقد كان كلامنا مع الإمام (قده) هو أنّه إذا وقعت هذه القضية (وفاة الإمام)، فسوف نواجه مشكلة دستورية، لأنه يمكن أن يطرأ فراغ في القيادة، فقال الإمام: سوف لن يطرأ فراغ في القيادة، ولديكم القائد. فقيل: ومن هو؟ قال الإمام بحضور آية الله الخامنئي: (انه السيد الخامنئي).

وقد ذهبت يوماً بصورة خاصة إلى الإمام (قده) ، فقد كانت لي بعض الجرأة لأطرح القضايا كما هي، فتحدثت معه حول خلافة القائد والمشاكل التي قد تطرأ، فردّ الإمام بكل صراحة (أنكم لن تواجهوا طريقاً مسدوداً، ومثل هذا الشخص (آية الله الخامنئي) بين ظهرانيكم، فلماذا تجهلون ذلك).

ويقول السيد أحمد، عندما سافر سماحة القائد الخامنئي إلى كوريا، كان الإمام يتابع وقائع الزيارة من على شاشة التلفزيون، وقد أثار اهتمامه كثيراً ذلك الاستقبال الذي أقامه الشعب الكوري وأحاديث ومباحثات السيد الخامنئي في تلك الزيارة وقال: حقاً انه جدير بالقيادة.

وبرحيل الإمام الخميني العظيم (قده) في الساعة العاشرة وعشرين دقيقة من مساء يوم السبت 3 حزيران 1989، عقد مجلس الخبراء في صباح اليوم التالي جلسة طارئة بحضور جميع الأعضاء، ولم تمض عشرون ساعة على الجلسة حتى تمّ انتخاب آية الله العظمى الخامنئي (مد ظله العالي) ولياً لأمر المسلمين وقائداً للثورة الإسلامية بـ ـ(60) صوتاً مؤيداً من مجموع (74) خبيراً حضروا الاجتماع.

 وقد أصدر مجلس الخبراء في ختام اجتماعه الطارئ بياناً تاريخياً مهماً هذا نصه:

بسم الله الرحمن الرحيم

بعد تقديم مجلس الخبراء للتعازي برحيل إمام الأمة وقائد الجمهورية الإسلامية في إيران ومؤسسها، ومع الإدراك العميق لمسؤوليته التاريخية، وبالنظر للموقع الرفيع والحساس لمنصب القيادة في نظام الجمهورية الإسلامية في إيران، ومع الاهتمام البالغ الذي أولاه سماحة إمام الأمة ومؤسس الجمهورية الإسلامية في إيران (رضوان الله تعالى عليه) في نداءاته وبياناته المتكررة، وخاصة أوامره وإرشاداته بشأن القيادة، وبالنظر للأسس المتعلقة بالدستور، ومع الإحساس الكامل بمؤامرات الخناسين وأعداء الإسلام في الداخل والخارج تجاه مستقبل النظام الإسلامي المقدس، ومن أجل الاستعداد اللازم لمواجهة أية حادثة، وبالنظر للظروف الداخلية والخارجية، وباستلهام المضامين الربانية الرفيعة لوصية سماحة إمام الأمة الإلهية السياسية المهمة جداً، فإن مجلس الخبراء انتخب في اجتماعه الطارئ، المنعقد بتاريخ 14/3/68 هـ. ش سماحة آية الله السيد علي الخامنئي لقيادة نظام الجمهورية الإسلامية في إيران بأكثرية أربعة أخماس الأعضاء الحاضرين، 60 صوتاً مؤيداً من 74 عضواً حاضراً.

ويقول آية الله بني فضل عضو مجلس الخبراء وأحد كبار علماء قم، بأن الأربعة عشر خبيراً الذين لم يُصوتوا لصالح آية الله العظمى الخامنئي، لم يكن لديهم أدنى تحفظ على قيادته، بل كانوا يعتقدون بأرجحية القيادة الجماعية والتي يكون آية الله العظمى الخامنئي على رأسها.

ولقد تفضل سماحته بعد ذلك قائلاً: (إنّ الخطوط الرئيسة للثورة هي تلك التي رسمها الإمام، أمّا الأعداء السذّج الطامعون ذوو القلوب العمياء والذين ظنّوا أنه برحيل الإمام، يبدأ عصر جديد بمعالم جديدة متميزة عن عصر الإمام الخميني (قده) فهم مخطئون.

إنّ الإمام الخميني حقيقة حية دائماً، اسمه لواء هذه الثورة، وطريقه طريق هذه الثورة وأهدافه أهداف هذه الثورة).